A Secretaria da Justiça foi criada pelo decreto governamental no dia 13 de maio de 1983 pelo Governador Hugo Napoleão através da Lei nº 3.869, com a finalidade de executar a política de governo relacionado com a ordem Jurídica, preservação do regime, o estudo dos assuntos concernentes à cidadania, garantias constitucionais, tratamento de presos e assistência jurídica, onde teve como 1º Secretário, Humberto Reis da Silveira.
É necessário retornar um pouco na história. Até o ano de 1978 funcionava na capital, a Penitenciária de Teresina, instalada na Praça Campo de Marte, onde hoje é o Ginásio Verdão.
O Governador Dirceu Arcoverde, determinou a demolição desta Penitenciária e inicia a construção de uma nova unidade penal em Altos, nomeada posteriormente Colônia Agroindustrial Major César Oliveira, o sistema prisional do estado conhece um novo modelo de execução de pena.
Antes da separação das duas pastas, Segurança Pública e Justiça, já havia as unidades prisionais: Penitenciária Vereda Grande e Penitenciária Feminina de Teresina e a Colônia Agroindustrial Major César Oliveira.
A Colônia Agroindustrial Major César Oliveira foi criada para abrigar detentos em fase final de recuperação e Vereda Grande abrigando presos do regime fechado. Com o objetivo de ressocializar e diminuir a ociosidade, a Major César contava com cursos profissionalizantes, supletivos, assistência médica, hospitalar, odontológica, além de constante produtividade em vários setores, como produção artesal, agrícola, pecuária, cujos produtos eram comercializados e com posterior remuneração aos detentos que participam desse processo produtivo.
Naquele período, a Defensoria Pública estava ligada à Secretaria de Justiça. Apenas o Conselho Penitenciário fazia parte da estrutura básica da Secretaria. Pela Lei-Delegada nº 158, de 16 de junho de 1982, as atribuições conferidas à Procuradoria Geral da Justiça passaram para competência da Secretaria de Justiça, que dispõe sobre a organização da Assistência Judiciária do Estado.
Em 08 de agosto de 1983, pelo Decreto nº 5.504, foi aprovado o Regulamento da Secretaria de Justiça, delineando a estrutura organizacional básica com órgãos de assessoramento ao Secretário, órgãos de apoio administrativo e órgãos colegiados.
Em 1990, uma estrutura construída para ser um mercado público é adaptada e passa a abrigar a Penitenciária Mista de Parnaíba – Juiz Fontes Ibiapina.
Em 27 de março de 1991, uma nova reforma administrativa entra em vigor com a Lei nº 4.382 e a Secretaria de Justiça recebe nova denominação: Secretaria da Justiça e da Cidadania, com nova estrutura, incluindo mais dois órgãos colegiados, o Conselho Estadual de Entorpecentes e o Conselho de Defesa dos Direitos da Mulher.
Em 1991, o Estado passa a contar com mais um presídio, a Casa de Custódia, unidade construída para abrigar presos provisórios, posteriormente passou a se chamar Penitenciária Professor José de Ribamar Leite. Em fevereiro de 1998, é instalada a Casa de Albergados de Teresina – UASA. No ano de 1999, é inaugurada a Penitenciária Regional de Picos Regional, unidade masculina, nomeada Penitenciária José de Deus Barros.
Em 2001, no dia 21/05/2001, é inaugurada a Penitenciária Regional de Oeiras, no mesmo ano, no dia 22 de outubro é instalada a Penitenciária Feminina de Picos – Adalberto Moura Santos, no centro da cidade e a Penitenciária Regional de Esperantina – Luiz Gonzaga Rebelo, em 05/11/2001.
No ano de 2003, o governador do Estado, Wellington Dias, encaminhou, para a Assembleia Legislativa do Piauí, mensagem com Indicativo de Projeto de Lei Complementar, propondo a Reforma Administrativa do Estado, obtendo aprovação e implementando assim, a Lei Complementar nº 28, de 09 de junho de 2003, que dispõe sobre a Lei Orgânica da Administração Pública do Estado do Piauí.
A Secretaria da Justiça foi transformada em Secretaria da Justiça e de Direitos Humanos, com a finalidade de promover, manter, executar e acompanhar a política de Governo relacionada com a cidadania, o sistema penitenciário, os serviços prisionais e a proteção dos direitos humanos, competindo-lhe administrar o sistema penitenciário do Estado, desenvolvendo programas de ressocialização dos presos, dentre outras funções.
A nova reforma ampliou a estrutura básica da Secretaria de Justiça, incluindo mais dois órgãos colegiados: o Conselho Estadual de Direitos Humanos e o Conselho da Comunidade, além de adequar toda administração prisional às determinações da Lei de Execução Penal, colocando, assim, a Secretaria dentro das atuais normas legais.
Em 2004, duas unidades foram inauguradas: em 30 de abril de 2004, a Penitenciária Irmão Guido, em Teresina e em 20 de setembro de 2004, a Penitenciária Dom Abel Alonso Nuñez, em Bom Jesus.
Em 30 de dezembro de 2010, a Lei Complementar nº 162, por sua vez, alterou dispositivos da Lei Complementar nº 28/2003, transferindo para a Secretaria de Assistência Social e Cidadania a competência pelas políticas de proteção dos direitos humanos, cabendo à Secretaria de Justiça as demais funções pré-estabelecidas pela composição orgânico-administrativa do Estado.
Agosto de 2011, a Penitenciária Dom Inocêncio Lopez Santamaria, em São Raimundo Nonato é inaugurada. A CDP – Casa de Detenção Provisória – Capitão Carlos José Gomes de Assis, em Altos é entregue em 11 de maio de 2015, atualmente denominada Penitenciária Capitão Carlos José Gomes de Assis.
Em 13 de novembro de 2017, mais uma unidade prisional passa a funcionar no Estado, a Penitenciária José de Arimateia Barbosa Leite, de Campo Maior. No 23 de setembro de 2019, a Cadeia Pública de Altos – Antônio José de Sousa Filho, começa a fazer parte do sistema penitenciário piauiense.
Em 08 de dezembro de 2022 foi sancionada a Lei n° 7.883/2022, a qual dispõe que a Secretaria de Justiça tem por finalidade a promoção, manutenção, execução e acompanhamento da política de Governo relacionada com a cidadania, o sistema penitenciário e os serviços prisionais, competindo-lhe à administrar o sistema penitenciário do Estado do Piauí, desenvolvendo programas de ressocialização dos presos, promovendo a modernização do sistema penitenciário, bem como a criação e execução de programas de proteção especial às vítimas e testemunhas de crimes. Além do mais, integram a estrutura básica da Secretaria de Justiça o Conselho Penitenciário.
Em 2023, a Lei nº 7.764 de 30 de março do mesmo ano, transforma os cargos de agente penitenciário em cargo de policial penal e cria na carreira do policial penal a Classe Especial I.