A estrutura orgânica da SEJUS-PI está, neste momento, em fase de revisão pelo fato de que foram implementadas, nos seus 40 anos de existência, mudanças que impactaram a sua identidade e estrutura organizacional.
A atual estrutura é formada por 3 níveis hierárquicos compreendendo a Gestão de Topo (Secretário de Justiça), órgãos de staff e um nível gerencial com os seus níveis operacionais, tal como apresentado no organograma a seguir:
